2024 年 11 月 11 日 AlphaFold 3 程式碼公開
據《Nature》2024 年 11 月 11 日報道，Google DeepMind 當日宣布，學術研究人員可下載 AlphaFold 3 的程式碼，用於非商業用途，距模型 5 月發表剛好半年。AlphaFold 3 是預測分子立體結構的 AI 模型，可推算蛋白質與 DNA、RNA 及配體（包括很多藥物在內的小分子）如何結合。
5 月發表時只開放網上伺服器
據 Google 2024 年 5 月的公布，DeepMind 與藥物研發公司 Isomorphic Labs 在《Nature》發表 AlphaFold 3 論文，指模型預測蛋白質與其他分子的相互作用，準確度比現有方法提升最少五成，部分類別更提高一倍。科學家當時只能經免費的 AlphaFold Server 網站使用模型大部分功能，Isomorphic Labs 則已與藥廠合作，把模型用於研發新藥。
不公開程式碼惹批評
據《Nature》報道，DeepMind 發表論文時不公開程式碼，做法具爭議。據 Maginative 報道，批評者指此舉妨礙研究透明度，令其他科學家難以重複驗證結果，DeepMind 其後承諾在半年內推出開放版本。
權重要申請，不准商用
據 Maginative 報道，學術研究人員可下載推算所需的全部程式碼，但模型參數（訓練後得出、決定預測結果的數值）只開放予有學術背景的科學家申請，並只限非商業研究。條款明確禁止把模型參數或輸出用於商業活動，包括訓練類似的生物分子模型。《Nature》在 11 月 14 日更正報道，指 AlphaFold 3 並非「開源」，因為參數要經申請才可取得，程式碼亦只限非商業用途。
諾貝爾獎後數周公開
據 Maginative 報道，公開程式碼前數周，AlphaFold 的開發者、DeepMind 行政總裁 Demis Hassabis 及 John Jumper 獲頒 2024 年諾貝爾化學獎。據 GitHub 頁面，截至 2026 年 11 月 11 日，v3.0.0 發布後主分支已再有 438 次程式碼更新。
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